Упродовж 1950-х рр. у долі кримських татар нічого не змінилося. А незабаром розпочалися арешти.
11 жовтня 1961 р. завершився судовий процес, що увійшов в історію як перший політичний процес над кримськими татарами у після сталінський період. У цей день Ташкентський обласний суд виніс вирок у справі Енвера Сеферова і Шевкета Абдурахманова.
Вони звинувачувалися в тому, що підготували і поширювали листівки з вимогою повернути кримських татар на історичну батьківщину, та із закликом до кримських татар боротися за повернення.
Це розцінювалося слідством як антирадянська діяльність. Вирок був суворим – 7 і 5 років ув’язнення у таборах посиленого режиму.
У серпні 1962 р. відбувся новий політичний процес. Справа Марата Омерова і СеїтАмзи Умерова, які були лідерами «Організації кримськотатарської молоді» – слухалася у Верховному суді Узбецької РСР. Система винесла вирок: Омерова позбавити волі на 4 роки у виправно-трудовій колонії посиленого режиму, Умерова – на 3 роки там само.
Починаючи з 1964 р., в Москві діяло неофіційне представництво кримських татар, склад якого змінювався. Воно займалося передачею в урядові установи звернень. Ініціативні групи регулярно випускали і поширювали «Інформації», в яких повідомлялося про кількість зданих документів і бесіди з посадовими особами.
Керівники руху, здебільшого особи старшого покоління, прагнули надати рухові лояльний до радянської влади характер.
Однак у 1960 рр. дедалі більшу роль у русі починають відігравати молоді люди, які виросли в місцях заслання. Вони не мали досвіду радянської кар’єри, з дитинства зазнали безправ’я і свавілля влади. Вони були налаштовані значно радикальніше. Те, що старші називали помилками радянського керівництва, молодь називала злочинами. Найбільш яскраві представники цього покоління національного руху – це Мустафа Джемілєв, Айше Сеїтмуратова, Решат Джемілєв, Роллан Кадиєв, Айдер Барієв, Зампіра Асанова, Юрій Османов.
Влада реагувала на виступи кримських татар жорстко. 27 серпня 1965 р. понад тисяча кримських татар зібралися біля будівлі міськкому партії у Бекабаді, щоб запитати у першого секретаря ЦК КП Узбекистану Ш. Рашидова, коли кримські татари зможуть повернутися до Криму. Для розгону демонстрації влада застовувала силу.
Із 8 по 18 жовтня 1966 р., в ознаменування 45-річчя з дня утворення Кримської АРСР, у багатьох містах Узбекистану пройшли мітинги і збори кримських татар. Усі вони були розігнані владою і супроводжувалися масовими арештами учасників. Тисячі побитих, сотні заарештованих на п’ятнадцять діб і 17 засуджених на тривалі терміни – таким був підсумок святкових заходів.
У 1966-1967 рр. відбулося ще кілька судових процесів над активістами кримськотатарського руху в Ташкенті, Фергані, Андижані, Москві.
Іншою важливою особливістю середини 1960-х рр. було істотне зростання інтересу кримських татар до історії і культури свого народу, котрий свідчив про підйом національної самосвідомості. У вересні 1965 р. активісти руху почали збирати дані про втрати в ході депортації і в місцях заслання. Згідно з «народним» переписом, під час депортації та упродовж перших років життя на новому місці загинули 46,2% кримських татар.
У цей період ініціативні групи продовжували подавати петиції. За підрахунками Приймальні Президії Верховної Ради СРСР, за 1965 – січень 1967 р. у вищі органи влади надійшло близько 53.000 листів і телеграм від кримських татар із тисячами підписів.
«Всенародне звернення до ХХIII з’їзду КПРС» підписали понад 120 тис. кримських татар з усіх регіонів проживання.
Незважаючи на всі ці зусилля, в 1966 р. проблема кримських татар так і не вирішилась.